1950年-1980年

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合併之初，49人隊的成績並不算突出，這31個球季之間，僅4度有季後賽的紀錄而已；在1957年球季拿下第一名，但在國聯分區季後賽中不敵底特律雄獅，因而無緣隊史第一座的聯會冠軍，除此之外大多的時間都在後段班，沒有太多的機會衝擊到季後賽；大聯盟合併後，在1970年—1972年間，49人隊完成了隊史首次的分區3連霸，但是在季後賽卻總是過不了達拉斯牛仔這關，連續3年在季後賽都輸給牛仔隊；此後，49人實力開始下滑，加上同組的洛杉磯公羊開始它們的盛世，在1973年—1979年這段期間完成分區7連霸，讓49人更加難以靠近季後賽的大門。

1981年-2002年

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長達22年的球季時間，49人隊可說是常勝軍的代名詞，由蒙坦拿、杰里·赖斯（英语：Jerry Rice）、揚三位名人堂球星領銜的49人隊，橫跨3個不同的年代(80年代、90年代和千禧年初期)，有18個球季打晉級到季後賽，更在1981年、1984年、1988年、1989年級1994年這5個球季拿下最後的超級碗冠軍，但在史蒂夫．楊由於腦震盪提早宣布退役，加上90年代中、後期綠灣包裝工的崛起，95、96、97年連續3年在季後賽敗在綠灣包裝工手上，讓49人隊在90年代末期及千禧年初期不像在80年代如此呼風喚雨，但即使如此，也沒有人敢小看這支經驗老到的球隊。

2003年-2016年

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2003年~2010年連續8個球季49人隊都未進入季後賽，2011年他們請來了史丹佛大學的主教練吉姆·哈博擔任新任主教練，他把球隊拉回正確的軌道，讓49人在2011年賽季再次重返了國聯決賽，可惜敗給了由小曼寧所帶領的紐約巨人隊；2012賽季，原本先發四分衛史密斯（英语：Alex Smith）受傷後，由卡佩尼克（英语：Colin Kaepernick）替補上場，他靠者靈活的腳步移動和速度飛快的自行衝刺，令人大為驚豔，成功地帶領49人進入季後賽，並且在後來史密斯康復後，也持續先發，加上聯盟最為頂級的防守他們再次殺入國聯決賽，並且擊敗亞特蘭大獵鷹，殺入超級盃，但以31-34敗於巴爾的摩烏鴉，也使得49人隊中止了超級碗5連勝的傲人紀錄；2013賽季，49人隊依然拿下12勝的佳績，但同組的西雅圖海鷹在該季更拿下13勝，取得分組第1，也使得49人隊只得以第5種子一路從外卡出發，並再度殺到了國聯決賽，但由於最後一次的傳球被海鷹隊的謝爾曼Richard Sherman拍掉而告終，結束13年賽季；2014年賽季，是49人隊最慘的賽季之一，在賽季前半段，進攻組幾乎除了四分衛以外全部受傷過，整條進攻鋒線更是全部為替補，中鋒還一度由左護鋒來作替代，最後也僅以8勝結束球季，無緣季後賽；2015年休賽季期間，更是全聯盟人員流失最為嚴重的隊伍，沒有之一。明星線衛威利斯（英语：Patrick Willis）宣佈退役、老將跑衛戈爾（英语：Frank Gore）離隊、而外接手魁布奇（英语：Michael Crabtree）去了奧克蘭突擊者、全明星護鋒麥克．尤菩提Mike Iupati也遠走亞特蘭大獵鷹、全明星防守截鋒史密斯（英语：Justin Smith (linebacker)）也退休了，這使得49人隊最終以5勝結束2015年賽季；2016年賽季，整個賽季氣氛低迷不說，又在季前熱身賽對綠灣包裝工時發生了四分衛卡佩尼克的「國歌風波」事件，讓49人隊整季都處於一種動盪不安的局勢中，最後也僅完成對洛杉磯公羊隊的主客場雙殺，拿下僅有的2勝，以2勝14負結束球季；2017年休賽期期間四分衛卡佩尼克離開，但也在這期間找來上季擔任亞特蘭大獵鷹隊進攻組教練的Kyle Shanahan擔任新球季的主帥，期盼能將幫助亞特蘭大獵鷹隊打進超級碗的經驗能夠幫助49人隊，完成重建的工作，重返榮耀。

現今

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2017年賽季，49人隊開局相當不順，尤其四分衛的表現更是慘擔，導致前11場比賽就輸掉10場，而49人隊也在第10場打完也作了交易決定，向愛國者隊換來替補四分衛Jimmy Garoppolo，當首發四分衛及原來替補四分衛分別因傷及交易沒人時，Jimmy Garoppolo頂替上場卻打出精彩的表現，帶領49人隊以5連勝結束球季，也讓49人隊先以特權標籤挽留，最終也達成協議簽定5年1.375億美元合同，完成了重建的第一步。

2019年賽季，靠著防守組的好表現（國聯失分最低，聯盟第6），49人相隔6年後再次重返季後賽，並且打入超級盃，但以20-31不敵堪薩斯城酋長。